16 Tháng Tám 20254:58 CHGiáo sư Trần Ngọc Ninh đã ra đi thanh thản ở tuổi 103 vào ngày 16 tháng 7 năm 2025 tại Bệnh viện Hoag, thành phố Newport Beach, miền Nam California. Tin tức về sự qua đời của giáo sư chỉ được gia đình thông báo hai tuần sau đó, theo đúng nguyện vọng của thầy về một tang lễ Phật giáo vô cùng đơn giản, được tổ chức riêng tư trong phạm vi gia đình. Không có cáo phó, không có điếu văn, và gia đình đã thực hiện đúng những gì thầy mong muốn. Thầy được an táng tại nghĩa trang Loma Vista Memorial Park, thành phố Fullerton, cách Little Saigon khoảng 20 km, bên cạnh phần mộ của người vợ quá cố, mất vào năm 2020 trong thời kỳ đại dịch Covid-19. Bia mộ của thầy rất giản dị, không ghi học hàm hay danh hiệu – chỉ khắc tên thầy và pháp danh “Orgyen Karma, biểu tượng cho hoạt động giác ngộ”.